% compendium.tex

\input{jjpackages.tex}

\usepackage{pmboxdraw} % provides angled lines for tab:phylolevels

% ### BEGIN explainbox definition ##########################

% modified after:
% https://ctan.ebinger.cc/tex-archive/macros/latex/contrib/mdframed/mdframed-example-default.pdf

\definecolor{explainboxframe}{RGB}{140, 185, 163}
\definecolor{explainboxbg}{RGB}{170, 255,125}
\usepackage[framemethod=default]{mdframed}
\mdfsetup{skipabove = \topskip, skipbelow = \topskip}

\newenvironment{explainbox}[2][\textwidth]{%
	\mdfsetup{
		frametitle={%
			\tikz[baseline = (current bounding box.east), outer sep = 0pt]
			\node[anchor=east, rectangle, fill = explainboxframe!90]
			{\strut \, #2 \, };},
		frametitlefont = \sffamily,
		innertopmargin = 7pt, linecolor = explainboxframe!90,%
		linewidth = 2pt, topline = true,
		frametitleaboveskip = \dimexpr -\ht\strutbox\relax}
	\begin{mdframed}[userdefinedwidth = #1]\relax
	}{
	\end{mdframed}
}
% ### END explainbox definition ############################

\title{Zusammenfassung \\ Botanik \& Systematik der Pflanzen}
\author{Jeff Jonczyk}
\date{Sommersemester 2024}

\setcounter{secnumdepth}{2}


\begin{document}


% ### TITLE ###
\pagenumbering{gobble}
\maketitle

\newpage
\newgeometry{paper=a4paper, inner=2.5cm, outer=2.5cm, top=2.5cm, bottom=2.5cm}

% ### PREFACE ###

\section*{Einleitung}

Dieses Dokument entstand (entsteht) während des Sommersemesters 2024 im Rahmen des BoK-Kurses \emph{Einführung in LaTeX für Mathematiker/innen und Naturwissenschaftler/innen} des Zentrums für Schlüsselqualifikationen und des Moduls \emph{Botanik und Evolution der Pflanzen} der Fakultät für Biologie. Es soll formell die Anforderungen für die Abgabe zum Erreichen der Studienleistung des BoK-Kurses erfüllen, und gleichzeitig durch die Auseinandersetzung mit den Inhalten des Botanik-Moduls dem Autor als während der Anfertigung als Lernhilfe und nach Fertigstellung als nützliches Handbuch dienen. \par

Seiner Natur als für den persönlichen Gebrauch bestimmte Zusammenfassung nachkommend ist dieses Dokument nicht zwingend in einer für Nicht-Autoren verständlichen Weise aufgebaut oder gar didaktisch wertvoll gestaltet; und übernimmt weitgehend, zum Teil auch komplett unverändert, fremde Inhalte aus den zur Verfügung gestellten Materialien aus den Veranstaltungen \begin{compactitem}
	\item Einführung Morphologie und Evolution der Pflanzen (Vorlesung)
	\item Morphologie und Systematik der Pflanzen; Teil A: Algen bis Gymnospermen (Praktikum)
	\item Morphologie und Systematik der Pflanzen; Teil B: Angiospermen (Praktikum)
\end{compactitem} des Botanik-Moduls ohne diese als Zitate zu kennzeichnen. Gleichzeitig wurde versucht das Dokument aus
schriftsetzerischer Sicht so weit aufzuarbeiten, dass es zur Abgabe des \LaTeX-Kurses taugt.

\paragraph{Hinweis zum Aufbau des Dokuments im Bezug auf phylogenetische Hierarchieebenen}
Auf den ersten Blick mag es sinnvoll erscheinen, die Hierarchieebenen des phylogenetischen Systems mit der Überschriftenschachtelung des Dokuments gleichzusetzen, also Überschriften für z.B. Abteilungen, Unterüberschriften für Unterabteilungen, Unterunterüberschriften für Klassen usw. zu verwenden und so von selbst an einer relativ natürlchen Dokumentstruktur anzukommen. Gegen diesen Ansatz sprechen jedoch die folgende Punnkte:
\begin{compactenum}
	\item Das System der Phylogenetik ist zu vielschichtig, um es sinnvoll auf die Überschriftebenen eines Dokuments übertragen zu können. Wie in \cref{tab:phylolevels} dargestellt, umfasst es – selbst die, auf die hier nicht eingegangen wird ausgenommen – 7 Ebenen, würde also die Verwendung von (Unter)$^7$überschriften vorraussetzen.
	\item Im Gegensatz zur Überschriftenstruktur wird das phylogenetische System von unten nach oben aufgebaut, sprich Arten werden zu Gattungen, Gattungen zu (Unter-)Familien zusammengefasst usw., wodurch es vorkommen, das Taxa verschiedener Hierarchiestufen (z.B. eine Unterabteilung und eine Klasse) auf gleicher Ebene landen.
	\item Die Beschreibung von morphologischen oder funktionellen Merkmalen ist oft sinnvoller oder leichter nachvollziehbar, wenn sie Anhand von para- oder polyphyletischen Gruppen erfolgt.
\end{compactenum}
Folglich ist die inhaltliche Gliederung in diesem Dokument in den Hauptüberschriften anhand von signifikaten evolutionören Errungenschaften gewählt (z.B. \cref{sec:kormopyhten} \emph{Kormophyten}: Gefäßpflanzen ab Entwicklung echten Leitgewebes aber vor Entwicklung der Samenbildung (Spermatophyten)) und nach allgemein verständlichen Trivialnamen benannt (nicht-samenbildene Kormopyhten $\hat{=}$ sporenbildende Kormopythen = \emph{Pteridophyten} = umgangssprachlich \emph{Farnähnliche}).
Die Unterüberschriften wurden weitgehend so gewählt, das möglichst sinnvoll allgemeingültige Merkmalsbeschreibungen gemacht werden können.

% ### TOC ###
\restoregeometry
\newpage
\setcounter{page}{1}
\pagenumbering{roman}

\tableofcontents


% ### CONTENT ###
\newpage
\setcounter{page}{1}
\pagenumbering{arabic}


\part[Spezieller Teil: Systematik der Pflanzen]{Systematik der Pflanzen}

\section{Prokaryota, Eukaryota \& Archea}


\section{Algen}
	\input{algen.tex}


\section{Pilze}

\section{Embryophyten: Moose und Kormopyhten}
	\input{embryophten.tex}

\section{Kormophyten: Farnpflanzen und Spermatophyten}
	\label{sec:kormopyhten}
	\input{kormophyten.tex}

\section{Spermatophyten: Gymnospermen und Angiospermen}

\section{Angiospermen: basale Dikotyle, Monokotyle und Eudikotyledonen}

\section{Dikotyledonen und Eudikotyledonen}

\section{Monokotyledonen}

\pagebreak
\part[Allgemeiner Teil: Phylogenetik]{Allgemeine Phylogenetik}
	\input{allgphylo.tex}
	
\pagebreak
\part{Anhang}

\section{Quellen}
\printbibliography

\end{document}