dings

algen.tex

@@ -1,18 +1,42 @@
 % algen.tex
 
-\vspace{0.5cm}
+Die Bezeichnung Alge bezieht sich nicht auf eine systematische Kategorie (Monophylum), sondern beschreibt eine Lebensform ausgehend von morphologischen und funktionalen Merkmalen. Unter dem Begriff Alge werden relativ einfach gebaute, primär aquatisch lebende, photoautotrophe Organismen zusammengefasst. Es gibt sowohl procariotische Algen, die den Bakterien zugeornet werden, als auch eukaryotische Algen, die aus einem oder mehreren sequenziellen endeoymbiontischen Ereignis resultieren und sowohl ein- als auch mehrzellige Organisationsformen bilden.
-\begin{explainbox}[0.5\textwidth]{Belege für die Endosymbiontentheorie}
+
+
+
+\begin{wrapfigure}[8]{r}{0.4\textwidth}
+	\vspace{-1cm}
+	\input{explainboxes/exbx_endosymb-theo.tex}
+\end{wrapfigure}
+Zu den Algen gehören die folgenden Gruppen:
+
+
 \begin{compactitem}
-		\item Gemeinsame Merkmale von Plastiden und Cyanobakterien:
+	\item Cyanobacteria (reg. {\scshape Bacteria},  prokaryotisch)
+	\item durch primäre Endocytobiose zwischen einem Eukaryoten und einem Cyanobakterium entstanden:
 	\begin{compactitem}
-				\item nicht kompartmentiert, kein Zellkern
+		\item Chlorophyta (Grünalgen)
-				\item zirkuläre Chromosomen ohne Histone oder Introns
+		\item Rhodophyta (Rotalgen)
-				\item Bakterienspezifische Proteine: 70S Ribosom, ABC-Transporter
+		\item Glaucophyta
-				\item bakterieller Teilungsmodus
 	\end{compactitem}
-		\item Plastiden können nie \emph{de novo}, sonder immmer nur durch Teilung vorhandener Plastide gebildert werden
+	\item durch sekundäre Endocytobiose zwischen einem Eukaryoten und einer Grünalge entstanden:
+	\begin{compactitem}
+		\item Eugelnophyta
+		\item Chlorarachniophyta
 	\end{compactitem}
-\end{explainbox}
+	\item durch sekundäre Endocytobiose zwischen einem Eukaryoten und einer Rotalge entstanden (gemeinsam Chromalveolatae):
+	\begin{compactitem}
+		\item Heterokontophyta
+		\item Haptophyta
+		\item Cryptophyta
+		\item Apicomplexa
+		\item Dinophyta
+	\end{compactitem}
+\end{compactitem}
+
+Aus der Linie der Chlorophyta entwickelten sich schließliche neben diversen weiteren Taxa, die weiterhin zu den Algen gehören (Chlorpyhta I \& II) auch die Embryophyten ("\emph{grüne Landpflanzen}"). Alle lebenden Pflanzen sind also Resultat eines einzelnen, primären endosymbiontischen Ereignisses. Die Chlorophyta und alle ihre Nachkommen inklusive ihrer sekundären Endoymbiosen nennt man Chlorobionta.
+
+
 
 \paragraph{Wuchsformen und Organisationstypen der Algen}
 \begin{compactitem}
@@ -25,3 +49,19 @@
 	\item[Flecht- oder Filzthallus (Plectenchym):] dicht gebündelte, stark verzweigte Fadensysteme bilden durch Verflechtung Zellverbände, die morphologisch echten Geweben gleichen. Zusammenhalt der Fäden durch verquellen der Zellwände zu wasserunlöslichen Gallerten oder durch nachträgliche Verwachsung
 	\item[Gewebethallus (Parenchym):] Entstehung durch Zellteilung in zwei oder drei senkrechten Ebenen führt zu einschichtigen, flächigen oder mehrschichtigen, dreidimensionalen Thalli. Die Zellen bleiben untereinander durch Plasmodesmata verbunden.
 \end{compactitem}
+
+\subsection{Chlorophyta I}
+\begin{compactitem}
+	\item ca. 7000 Arten
+	\item nahezu alle Organisationstypen, z.T. morphologisch hochdifferenziert
+	\item Vorkommen: meißt im Süßwasser, in feuchten Böden, epiphytisch
+	\item begeißelte Zellen meißt birnenförmig, häufig mit kontraktilen Vakuolen
+	\item Haplonten, Haplodiplonten oder fast reine Diplonten
+\end{compactitem}
+
+\subsection{Chlorophyta II}
+\begin{compactitem}
+	\item ca. 4500 – 6500 Arten
+	\item nahezu alle Organisationstypen, bei hoöher entwickelten Taxa arbeitsteilig differenzierte Gewebe und Fortpflanzungsorgane
+	\item Vorkommen: meist Süßwasser, seltener Brackwasser und feuchte Festlandsbereiche
+\end{compactitem}

compendium.tex

@@ -4,48 +4,74 @@
 
 \usepackage{pmboxdraw} % provides angled lines for tab:phylolevels
 
+% ### BEGIN explainbox definition ##########################
+
+% modified after:
+% https://ctan.ebinger.cc/tex-archive/macros/latex/contrib/mdframed/mdframed-example-default.pdf
+
 \definecolor{explainboxframe}{RGB}{140, 185, 163}
 \definecolor{explainboxbg}{RGB}{170, 255,125}
 \usepackage[framemethod=default]{mdframed}
 \mdfsetup{skipabove = \topskip, skipbelow = \topskip}
-% modified after:
+
-% https://ctan.ebinger.cc/tex-archive/macros/latex/contrib/mdframed/mdframed-example-default.pdf
 \newenvironment{explainbox}[2][\textwidth]{%
 	\mdfsetup{
 		frametitle={%
 			\tikz[baseline = (current bounding box.east), outer sep = 0pt]
 			\node[anchor=east, rectangle, fill = explainboxframe!90]
-			{\strut #2};},
+			{\strut \, #2 \, };},
 		frametitlefont = \sffamily,
 		innertopmargin = 7pt, linecolor = explainboxframe!90,%
 		linewidth = 2pt, topline = true,
 		frametitleaboveskip = \dimexpr -\ht\strutbox\relax}
-	\begin{mdframed}[userdefinedwidth = #1]\relax%
+	\begin{mdframed}[userdefinedwidth = #1]\relax
 	}{
 	\end{mdframed}
 }
+% ### END explainbox definition ############################
 
-%opening
+\title{Zusammenfassung \\ Botanik \& Systematik der Pflanzen}
-\title{Botanik \& Systematik der Pflanzen}
 \author{Jeff Jonczyk}
+\date{Sommersemester 2024}
 
 \setcounter{secnumdepth}{2}
 
+
 \begin{document}
 
 
 % ### TITLE ###
+\pagenumbering{gobble}
 \maketitle
 
+\newpage
 \newgeometry{paper=a4paper, inner=2.5cm, outer=2.5cm, top=2.5cm, bottom=2.5cm}
 
-
 % ### PREFACE ###
-%\pagenumbering{none}
+
 \section*{Einleitung}
 
+Dieses Dokument entstand (entsteht) während des Sommersemesters 2024 im Rahmen des BoK-Kurses \emph{Einführung in LaTeX für Mathematiker/innen und Naturwissenschaftler/innen} des Zentrums für Schlüsselqualifikationen und des Moduls \emph{Botanik und Evolution der Pflanzen} der Fakultät für Biologie. Es soll formell die Anforderungen für die Abgabe zum Erreichen der Studienleistung des BoK-Kurses erfüllen, und gleichzeitig durch die Auseinandersetzung mit den Inhalten des Botanik-Moduls dem Autor als während der Anfertigung als Lernhilfe und nach Fertigstellung als nützliches Handbuch dienen. \par
+
+Seiner Natur als für den persönlichen Gebrauch bestimmte Zusammenfassung nachkommend ist dieses Dokument nicht zwingend in einer für Nicht-Autoren verständlichen Weise aufgebaut oder gar didaktisch wertvoll gestaltet; und übernimmt weitgehend, zum Teil auch komplett unverändert, fremde Inhalte aus den zur Verfügung gestellten Materialen aus den Veranstaltungen \begin{compactitem}
+	\item Einführung Morphologie und Evolution der Pflanzen (Vorlesung)
+	\item Morphologie und Systematik der Pflanzen; Teil A: Algen bis Gymnospermen (Praktikum)
+	\item Morphologie und Systematik der Pflanzen; Teil B: Angiospermen (Praktikum)
+\end{compactitem} des Botanik-Moduls ohne diese als Zitate zu kennzeichnen. Gleichzeitig wurde versucht das Dokument aus
+schriftsetzerischer Sicht so weit aufzuarbeiten, dass es zur Abgabe des \LaTeX-Kurses taugt.
+
+\paragraph{Hinweis zum Aufbau des Dokuments im Bezug auf phylogenetische Hierarchieebenen}
+Auf den ersten Blick mag es sinnvoll erscheinen, die Hierarchiebenenen des phylogenetischen Systems mit der Überschriftenschachtelung des Dokuments gleichzusetzen, also Überschriften für z.B. Abteilungen, Unterüberschriften für Unterabteilunegn, Unterunterüberschriften für Klassen usw. zu verwenden und so von selbst an einer relativ natürlchen Dokumentstruktur anzukommen. Gegen diesen Ansatz sprechen jedoch die folgende Punnkte:
+\begin{compactenum}
+	\item Das System der Phylogenetik ist zu vielschichtig, um es sinnvoll auf die Überschrifteneben eines Dokuments übertragen zu können. Wie in \cref{tab:phylolevels} dargestellt, umfasst es – selbst die, auf die hier nicht eingegangen wird ausgenommen – 7 Ebenen, würde also die Verwendung von (Unter)$^7$überschrifen vorraussetzen.
+	\item Im Gegensatz zur Überschriftenstruktur wird das phylogenetische System von unten nach oben aufgebaut, sprich Arten werden zu Gattungen, Gattungen zu (Unter-)Familien zusammengefasst usw., wodurch es vorkommen, das Taxa verschiedener Hierachrchiestufen (z.B. eine Unterabteilung und eine Klasse) auf gleicher Ebene landen.
+	\item Die Beschreibung von morphologischen oder funktionellen Merkmalen ist oft sinnvoller oder leichter nachvollziebar, wenn sie Anhand von para- oder polyphyletischen Gruppen erfolgt.
+\end{compactenum}
+Folglich ist die inhaltiche Gliederung in diesem Dokument in den Hauptüberschriften anhand von signifikaten evolutionören Errungenschaften gewählt (z.B. \cref{sec:kormopyhten} \emph{Kormophyten}: Gefäßpflanzen ab Entwicklung echten Leitgewebes aber vor Entwicklung der Samenbildung (Spermatophyten)) und nach allgemein verständlichen Trivialnamen benannt (nicht-samenbildene Kormopyhten $\hat{=}$ sporenbildende Kormopythen = \emph{Pteridophyten} = umgangssprachlich \emph{Farnähnliche}).
+Die Unterüberschriften wurden weitgehend so gewählt, das möglichst sinvoll allgemeingültige Merkmalsbeschreibungen gemacht werden können.
 
 % ### TOC ###
+\restoregeometry
 \newpage
 \setcounter{page}{1}
 \pagenumbering{roman}
@@ -74,12 +100,12 @@
 	\input{embryophten.tex}
 
 \section{Kormophyten: Farnpflanzen und Spermatophyten}
+	\label{sec:kormopyhten}
 	\input{kormophyten.tex}
 
 \section{Spermatophyten: Gymnospermen und Angiospermen}
 
 \section{Angiospermen: basale Dikotyle, Monokotyle und Eudikotyledonen}
-	\input{explainboxes/exbx_fruchtformen.tex}
 
 \section{Dikotyledonen und Eudikotyledonen}
 

embryophten.tex

@@ -7,9 +7,7 @@ Zu den Embryophyten gehört neben der Eintwicklungsline der Kormophyten oder Tra
 	\item  Anthocerotophytina (Hornmoose)
 \end{compactitem}
 
-\begin{figure*}
 \input{explainboxes/exbx_landgang.tex}
-\end{figure*}
 
 
 \paragraph{Synapomorphien der Embryophyten}

explainboxes/exbx_endosymb-theo.tex

@@ -0,0 +1,14 @@
+% exbx_endosymb.theo.tex
+
+\begin{explainbox}[0.5\textwidth]{Belege für die Endosybiontentheorie}
+	\begin{compactitem}
+		\item Gemeinsame Merkmale von Plastiden und Cyanobakterien:
+		\begin{compactitem}
+			\item nicht kompartmentiert, kein Zellkern
+			\item zirkuläre Chromosomen ohne Histone oder Introns
+			\item Bakterienspezifische Proteine: 70S Ribosom, ABC-Transporter
+			\item bakterieller Teilungsmodus
+		\end{compactitem}
+		\item Plastiden können nie \emph{de novo}, sonder immmer nur durch Teilung vorhandener Plastide gebildert werden
+	\end{compactitem}
+\end{explainbox}

jjpackages.tex

@@ -30,7 +30,7 @@
   pdfauthor = {Jeff Jonczyk},
   pdfsubject = {},
   pdfkeywords = {},
-  colorlinks = true,
+  colorlinks = false,
   urlcolor = blue,
   linkcolor = cyan,
   citecolor = brown,
@@ -63,7 +63,6 @@
 \titlespacing*{\section}{0pt}{3.5ex plus 1ex minus .2ex}{1.5ex plus .2ex}
 \titleformat{\subsection}{\large\bfseries\sffamily}{\thesubsection}{5pt}{}
 \titleformat{\paragraph}{\large\sffamily\color{paragraphcol}}{}{}{}
-\titlespacing*{\paragraph}{0pt}{5pt}{2pt}
 
 % options for stiketrough
 % \usepackage{soul}
@@ -92,6 +91,7 @@
 % ### IMAGES & FIGURES #################
 
 \usepackage{graphicx}
+\usepackage{wrapfig}
 %\usepackage{wrapstuff}
 \usepackage[format=plain, labelfont=scriptsize, labelfont+=bf, labelfont+=sf, labelsep=colon, textfont=sf, textfont+=scriptsize]{caption}
 \usepackage{float}

kormophyten.tex

@@ -1,6 +1,6 @@
 % kormophyten.tex
 
-Zu den Kormophyten gehört neben der Entwicklungslinie der Spermatophyten (Samenpflanzen) die folgenden Gruppen, die zur paraphyletischen Gruppe der Pteridophyten (sporenbildende Kormophyten) zusammengefasst werden, wobei die Spermatophyten eine Schwestergruppe zu den Lycopodiophytina bilden:
+Zu den Kormophyten gehört neben der Entwicklungslinie der Spermatophyten (Samenpflanzen) die folgenden Gruppen, die zur paraphyletischen Gruppe der Pteridophyten (sporenbildende Kormophyten) zusammengefasst werden, wobei die Lycopodiophytina die Schwestergruppe zu den Spermatophyten bilden:
 \begin{compactitem}
 	\item Lycopodiophytina (Bärlappgewächse)
 	\item Psilotphytina inkl. Ophioglossales (Gabelblattgewächse/Gabelfarne)
@@ -35,11 +35,22 @@ Zu den Kormophyten gehört neben der Entwicklungslinie der Spermatophyten (Samen
 	\begin{compactitem}
 		\item Ordnung: Lycopodiales (Bärlappe im engeren Sinn): 400 Arten, immergrüne Kräuter, meist feuchte Biotope, Mikrophylle ohmne Ligula, Isosporangien meist in endständigen Sporophyllständen
 		\item Ordnung: Selaginellales (Moosfarne): 700 Arten, eine einzige Gattung \emph{Selaginella}, immergrüne Kräzer, meist vierzeilig (kreuzgegenständig) beblättert, Mikrophylle mit Ligula, Achsengabelungen oft mit Wurzelträgern, Hetreosporangien in endständigen Sporophyllständen, Megasporophylle meißt im unteren, Mikrosporophylle im oberen Zapfenteil
-		\item Ordnung: Isoetales (Brachsenkräuter), 70 Arten
+		\item Ordnung: Isoetales (Brachsenkräuter), 70 Arten, meist untergetaucht oder an sehr feuchten Landbiotopen, Mikrophylle mit Ligula, Stamm kurz und knollig mit geringfügiger Sekundärxylembildung
 	\end{compactitem}
 \end{compactitem}
 
 \subsection{Psilotphytina inkl. Ophioglossales (Gabelblattgewächse/Gabelfarne)}
+\begin{compactitem}
+	\item[Psilophytales:] 12 Arten
+	\begin{compactitem}
+		\item sehr altertümlich, vermutlich durch Reduktion komplexerer Strukturen entstanden
+		\item ober- und unterirdische Achsen dreidimensional verzweigt, keine Wurzeln, nur Rhizoide
+	\end{compactitem}
+	\item[Ophioglossales (Natterunzungengewächse):] ca. 390 Arten
+	\begin{compactitem}
+		\item Gametophyt langlebig
+	\end{compactitem}
+\end{compactitem}
 
 \subsection{Equisetophytina (Schachtelhamlgewächse)}
 \begin{compactitem}
@@ -63,5 +74,7 @@ Zu den Kormophyten gehört neben der Entwicklungslinie der Spermatophyten (Samen
 
 \subsection{Filicophytina (Leptosporangiate Farne)}
 \begin{compactitem}
-	\item 
+	\item ca. 11000 Arten
+	\item meißt ein- bis mehrfach gefiederte Wedelblätter (Megaphylle) spiralig an der Spitze eines kriechenden oder aufrechten Rhizoms mit Adventivwurzeln
+	\item bei landbewohnende Arten Sporangien in Sori auf der Blattunterseite oder seltener am Rand an normalen assimilierenden Blättern (Troposporophylle) oder an speziellen nicht assimilierenden Blättern oder Blatteilen (Sporophyll), in reifem Zustand einschichtige Wand (leptosporangiat), of von Indusium bedeckt; nie Sporangien
 \end{compactitem}